Astrada presentó la dimisión debido a una supuesta interna del plantel provocada luego de una pelea entre Eduardo Tuzzio y Horacio Ameli. El comienzo de la decadencia surge en 2005 llegó una vez más a semifinales de la Libertadores, donde sería eliminado esta vez por São Paulo, de Brasil, quien sería el campeón del torneo. Perdió contra Brasil (campeón del torneo) 2-5 con goles de Paulo Wanchope y Rónald Gómez, siendo el único equipo en anotarle dos goles a Brasil en ese Mundial.